หลังจากกัมพูชาเป็นเอกราช ในวันที่ 19 ธันวาคม พ.ศ. 2493 ประเทศไทยได้เป็นประเทศแรกที่ได้ให้การรับรอง จนมีการตั้งสำนักผู้แทนทางการทูตขึ้นที่กรุงพนมเปญ และสัมพันธภาพก็เจริญมาด้วยดีโดยตลอด จนกระทั่ง พ.ศ. 2501 เอกอัครราชทูตกัมพูชา ประจำกรุงลอนดอน ซัมซารี ได้เขียนบทความเกี่ยวกับสิทธิเหนือปราสาทเขาพระวิหาร ลงในนิตยสาร "กัมพูชาวันนี้ (le Combodge d'aujourd'hui) " มีเนื้อหาส่วนหนึ่งระบุบว่า "ไทยอ้างสิทธิเหนือวิหารนี้ โดยการใช้กำลังทหารเข้ายึดเอาพระวิหาร-อันเป็นการกระทำแบบฮิตเลอร์"[1] จากนั้นมาวิทยุและหนังสือพิมพ์ของกัมพูชาก็ได้พูดถึงเรื่องสิทธิเหนือปราสาทเขาพระวิหารนี้อยู่เรื่อย ๆ จนเกิดกระแส "ทวงเขาพระวิหารคืนจากไทย"[1] แต่ยังไม่รุนแรงนัก นอกจากนี้ยังมีเหตุการณ์ปล้นสะดมทางชายแดนไทย-กัมพูชาเสมอ ๆ ทำให้รัฐบาลไทยในขณะนั้นได้เสนอให้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการผสมเพื่อดำเนินการตรวจสอบเส้นเขตแดน แต่ก็ไม่ได้รับการตอบสนองจากรัฐบาลกัมพูชา ทำให้ความสัมพันธ์เริ่มทรุดลงอย่างรวดเร็ว

วันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ. 2501 ประเทศจีนได้ประกาศรับรองกัมพูชา และพระบาทสมเด็จพระบรมนาถนโรดม สีหนุได้เสด็จไปเยือนปักกิ่ง ซึ่งในสมัยนั้นอยู่ในช่วงระวังการแทรกซึมจากคอมมิวนิสต์

วันที่ 4 สิงหาคม พ.ศ. 2501 รัฐบาลไทยจึงประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินในเขตท้องที่จังหวัดตราด, จันทบุรี, ปราจีนบุรี, สุรินทร์, บุรีรัมย์, ศรีสะเกษ และอำเภอเดชอุดม จังหวัดอุบลราชธานี โดยมีใจความแถลงว่าได้มีโจรผู้ร้ายข้ามแดนเข้ามาทำร้ายร่างกาย ประทุษร้ายต่อชีวิตและทรัพย์สินของประชาชนเหตุการณ์จึงตึงเครียดหนักขึ้น[2]

วันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2501 มีการเจรจาเพื่อปรับปรุงความสัมพันธ์ระหว่างไทย-กัมพูชาขึ้นที่กรุงเทพ แต่ไม่สามารถเจรจาตกลงกันได้ วันที่ 7 กันยายน ปีเดียวกัน ประเทศไทยได้เดินขบวนประท้วงประเทศกัมพูชา และอ้างถึงกรรมสิทธิ์ของไทยเหนือเขาพระวิหาร นอกจากนี้ยังมีการโจมตีระหว่างสื่อไทยและกัมพูชากันอยู่เนื่อง ๆ จนกระทั่งวันที่ 24 พฤศจิกายน พ.ศ. 2501 รัฐบาลกัมพูชาได้ตัดความสัมพันธ์ทางการทูตกับไทย และความสัมพันธ์ก็เลวร้ายลงจนไปสู่การฟ้องร้องต่อศาลโลก